Modelagem de Sistemas Biológicos

Sobre

Junto aos seus parceiros, esta linha de PD&I busca alvos relevantes e fármacos apropriados para o tratamento de doenças não transmissíveis e infecciosas. Por meio da bioinformática aplicada a dados de genômica, interatoma e transcriptoma, bem como de biologia computacional, com o uso de técnicas de modelagem, mecânica molecular e quântica, dinâmica molecular, docking, desenho de novo e QSAR, a linha de PD&I atua na modelagem de fármacos com base em informações clínicas dos pacientes, utilizando-se de estratégias de medicina personalizada para aprimorar o tratamento das doenças investigadas em um contexto de medicina translacional. Além de realizar a modelagem de fármacos e de biofarmacêuticos, esta linha de PD&I utiliza-se da inferência filogenética, de técnicas de banco de dados, de geoprocessamento e de análises de espectrometria de massa para identificar moléculas de interesse na biodiversidade nacional.

Projetos e produtos

  • Mapa de calor representando a distribuição geográfica de Croton floribundus no Brasil de acordo com os limites estaduais. O gênero Croton é uma importante fonte de moléculas com atividade medicinal.
  • Sub-rede de genes diferencialmente expressos em uma linhagem celular maligna de tipo triplo-negativa. Os nós representam genes, enquanto os links representam a interação entre os genes.
  • Modelagem tridimensional de um fármaco na fenda da proteína HSP90AB1, um importante alvo para o tratamento do câncer. A proteína é representada em tons de cinza e o fármaco no centro, em vermelho e azul.

atividades

Junto aos seus parceiros, a linha de PD&I conta com o entendimento tecnológico para responder a perguntas nos campos de bioinformática (genômica, filogenia, transcritômica, metabolômica, interatômica), sistema de informação geográfica (SIG) e biologia computacional, bem como em modelagem matemática. A atuação diversificada da linha de PD&I favorece a integração com atividades de parceiros mais especializados, permitindo o domínio de tecnologias de bancada, e com o ensino de pós-graduação. A visão da linha de PD&I é promover atividades que favoreçam a articulação com o setor corporativo para permitir uma melhor integração dos alunos no ambiente profissional.

Equipe

  • Nicolas
    Carels
    Nicolas
    Carels
    Coordenador do Laboratório de Modelagem de Sistemas Biológicos do CDTS. Acumula conhecimentos em genética, biotecnologia e bioinformática de sistemas vegetais. Atualmente, se dedica à modelagem e bioinformática de redes moleculares de doenças para busca de alvos moleculares relevantes no contexto da terapia de precisão.
  • Carlyle
    Ribeiro Lima
    Carlyle
    Ribeiro Lima
    Físico, mestre em biotecnologia e doutor pela Universidade Paris Diderot, com ênfase em modelagem molecular de alvos terapêuticos. Atualmente desenvolve pesquisa na área de modelagem de proteínas-alvo para desarticulação da rede celular cancerígena da linhagem MDA-MB-231 de mama e investigação de reposicionamento de fármacos ativos.
  • Gilberto
    da Silva
    Gilberto
    da Silva
    Matemático pela Universidade Federal do Rio de Janeiro, mestre em Sistemas e Computação pelo Instituto Militar de Engenharia e doutor em Ciências pelo Instituto Oswaldo Cruz/ Fiocruz. Atua na curadoria de banco de dados de plantas que apresentam interesse terapêutico.